Akademiyaning manhaji 1-kursda darslar Arab tilida yozish, oʻqish, gapirish, tarjima qilish va shu kabilarga ixtisoslashgan.
2-kursdan esa Sharʼiy ilmlarni o’qitish boshlanadi, talabada arab tilida oʻzi mustaqil kitob oʻqiyoladigan, eshitsa tushuna oladigan malaka hosil boʻlganidan soʻng sharʼiy ilmlarni oʻqitish boshlanadi.
Sharʼiy ilmlar manhajini tuzishda Shayx Muhammad Sodiq Muhammad Yusuf rahmotullohi alayhini manhajlaridan chiqib ketmasdan, Ahli sunna val jamoa mazhabidan kelib chiqib manhaj tuzilgan.
Shunga koʻra talabalar 5-yillik taʼlim yoʻlida 1-yil Arab tili, 4-yil Sharʼiy ilmlar, xorijiy tillar va yana Hanafiy mazhabining Fihqhiy moʻtabar kitoblari va Aqidasi, hammasini Ahlisunna val jamoaga koʻra o’qishadi.
